近年來，海事港航部門著力解決船舶油污廢水和生活垃圾收集處理，助力“綠色水運”發展。
船舶上的水處理系統主要分為兩塊：
1、船舶生活用水處理系統，主要以糞便、洗滌、餐廚等污水。另外還有含油污水，如機艙水、壓艙水和洗艙水。
2、船舶壓載水處理系統，控制船舶縱傾、橫傾、吃水、穩性或應力而在船上加裝的水。
這兩部分的水是都需要排大海里的。所以，需要對它們進行處理達標之后才可排放。
生活污水處理：
船舶生活污水處理方法如按污水的排放方法可分為無排放型生活污水處理裝置和排放型生活污水處理裝置。無排放型生活污水處理裝置通常包含有船舶貯存方式和再循環處理方式;而對于排放型生活污水處理裝置，由于公約和相關規定中排放標準的要求，使得船舶生活污水必須 經過相應的處理后才能按規定排放。通常船上采用的排放型生活污水處理方式按凈化方法的不同可分為：生物學方法、物理化學方法、電化學方法及混合處理方法等。
目前，船舶采用的生活污水處理方式主要有兩種：收集貯存式和處理排放式。
收集貯存式
通過專設的糞便柜收集貯存含糞尿的廁所沖洗水，集中排放到岸上接收裝置或待航行到非限 制海域時排放。其糞便柜應將加強筋放在柜的外側，以利清洗內部，同時柜內壁應涂敷環氧樹脂或采用玻璃鋼襯里，以防銹蝕。采用這種處理方式的裝置，只需從各個廁所匯集糞尿的管路和足夠容量的貯存艙柜即可，所以裝置十分簡單，造價低，但貯存艙柜的容量往往需要很大，特別是航行或停泊在禁止排放的海域的船舶，更是如此。同時當糞尿需要貯存時，還必須使用化學藥品殺菌、消毒和除臭，增加藥品費用。
處理排放式
設置專門的生活污水處理裝置，將生活污水經物理、化學、生物等處理后直接排放或處理后的凈水回收循環使用。根據其處理的方法的不同、具體又有如下幾種常見方式：
1) 生化處理：又稱活性污泥處理或曝氣處理。
其通常是利用好氧性微生物為主的活性污泥對污水中的有機物進行氧化分解，使其變成無機物，然后進行化學藥品消毒處理再排放。
2) 理化處理：先將生活污水進行機械分離,使液體和固體分開，然后用化學藥品對污水進行除臭、消毒、殺菌，達到排放標準后排放或循環利用，而泥渣、污泥等固體廢物則送到焚燒爐焚燒。
采用此種處理裝置與生化相比較,裝置較輕小，隨時可停止或啟動，容易實現自動控制，而且處理后的水質也可不受船舶搖擺和不同海域水質的影響,是船舶常用的另一種處理方式。但也存在裝置較復雜，維修管理要求較高等缺點。
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